地下菌丝体通常比可见子实体分布更广，霉变食物的毒素分布可能超过肉眼可见区域，真菌繁殖可形成有性或无性孢子

真菌毒素是部分真菌产生的特定代谢物。霉变食物的毒素分布可能超过肉眼可见区域。真菌感染可以发生在植物动物或其他真菌。锈菌与黑粉菌属于重要植物病原真菌。稻瘟病等病害与特定真菌感染有关。真菌病害扩散受到湿度与宿主密度影响。真菌也可以产生具有药用价值的化合物。次级代谢物并非完全没有生物学功能。

真菌繁殖可形成有性或无性孢子。真菌孢子与细菌芽孢具有不同生物学意义。霉菌是具有丝状生长形态的一类真菌统称。霉菌颜色通常与孢子和其他结构有关。真菌参与枯落物分解和生态系统养分循环。部分真菌能够降解较难利用的木质结构。菌根是真菌与植物根形成的共生体系。菌根真菌可以帮助植物获取水分与矿质营养。

植物通常向菌根真菌提供部分光合碳。地衣由真菌与光合伙伴共同形成稳定体系。地衣的共生体系不能归为单独一种绿色植物。地衣光合伙伴可以是绿藻或蓝细菌。地衣对某些环境变化具有较敏感的响应。酵母发酵可把糖转化为酒精与二氧化碳。面团膨胀与发酵产生的气体有关。食用菌与有毒菌不能仅凭颜色可靠区分。