地下菌丝体通常比可见子实体分布更广_菌丝通过分枝与延伸形成复杂网络

真菌毒素是部分真菌产生的特定代谢物。霉变食物的毒素分布可能超过肉眼可见区域。真菌感染可以发生在植物动物或其他真菌。锈菌与黑粉菌属于重要植物病原真菌。稻瘟病等病害与特定真菌感染有关。真菌病害扩散受到湿度与宿主密度影响。真菌也可以产生具有药用价值的化合物。次级代谢物并非完全没有生物学功能。

植物通常向菌根真菌提供部分光合碳。地衣由真菌与光合伙伴共同形成稳定体系。地衣的共生体系不能归为单独一种绿色植物。地衣光合伙伴可以是绿藻或蓝细菌。地衣对某些环境变化具有较敏感的响应。酵母发酵可把糖转化为酒精与二氧化碳。面团膨胀与发酵产生的气体有关。食用菌与有毒菌不能仅凭颜色可靠区分。

寄生真菌能够从活体宿主组织获得营养资源。捕食性真菌可以利用特殊结构捕获小动物。真菌网络的物质运输受到资源分布影响。真菌耐受环境的能力在不同类群间差异明显。真菌分类逐渐吸收了大量分子系统学证据。菌种名称需要与实际鉴定依据相匹配。真菌多样性中仍有大量类群缺少充分描述。动物通常通过摄取有机物获得营养。