构造异构来自原子连接顺序或位置不同：酯具有由羧酸衍生的特定含氧连接方式

酯具有由羧酸衍生的特定含氧连接方式。胺可以视为氨中氢被有机基团取代的衍生物。酰胺的氮与羰基相邻并呈现特殊电子结构。腈含有碳氮三键这一特征官能团。硫醇具有与醇类似但由硫替代氧的官能结构。杂环化合物的环骨架包含碳以外的原子。多官能团分子的性质由多种结构共同决定。有机化学中的氧化还原常改变碳周围的成键。

燃烧产物分析可以辅助推断有机物元素组成。分子式相同的物质可能具有截然不同的气味。天然来源与人工合成并不决定分子是否相同。有机物名称中的酸字不代表酸性一定很强。含碳物质并非都能够被生物轻易降解。官能团分类有助于归纳典型化学反应。有机反应选择性受到空间与电子效应影响。结构相近的分子也可能具有明显不同的活性。

亲水基团可以提高某些有机物与水的相容性。卤代烃中部分氢原子被卤素原子替代。醇的羟基连接在饱和碳原子等相应位置。酚的羟基直接连接于芳香环结构。醚通常具有氧原子连接两个碳基团的结构。醛含有位于特定端位的羰基结构。酮分子中的羰基碳通常与两个碳基团相连。羧酸以羧基作为主要酸性官能结构。