相对构型比较分子之间的空间关系，外消旋混合物含有等量的一对对映体_分子立体结构

环己烷椅式构象能够减小部分空间张力。轴向与赤道向取代基处于不同空间环境。体积较大基团通常偏好空间排斥较小的位置。立体位阻会影响反应物接近活性中心的能力。同一化学式的不同立体结构可能有不同气味。生物酶常能区分底物的不同对映体。手性环境使对映体可能表现不同相互作用。对映体在非手性环境中的许多物理性质相同。

手性色谱可以用于分离某些对映异构体。不对称合成偏向形成目标的一种立体异构体。手性催化剂能够影响产物的对映选择性。光学纯度与对映体比例有关但需明确测量条件。内消旋化合物具有立体中心却可整体无手性。分子内部对称性能够消除整体手性特征。立体专一反应与立体选择反应含义不同。亲核取代过程可能伴随反应中心构型翻转。

哈沃斯投影常用于表示环状糖的结构。投影式的旋转操作可能改变或保持原构型。构型变化通常需要断键或经历特定反应过程。分子模型可以帮助辨认空间重合与镜像关系。手性轴也能使分子呈现稳定的对映结构。阻转异构来自受限旋转形成的可分离构型。立体结构描述必须明确所采用的表示约定。空间结构信息是理解生物分子识别的重要基础。